连云港市农业科学院，与徐淮地区连云港农业科学研究所和连云港市蔬菜研究所合署办公，一套班子，三块牌子。1981年11月省政府苏政发（81）113号文和市政府连政发(81)l53号文，同意连云港市农林科学研究所与市蔬菜试验站合并成立连云港市农业科学研究所，归口市农委，属局一级建制，由省农科院和市政府双重领导。经费由省科委和市财政下达。1983年11月16日省政府同意，省农科院苏农院(83)207号文通知原连云港市农业科学所调整为　“江苏徐淮地区连云港农业科学研究所”与“连云港市蔬菜研究所”合署办公，一套班子，两块牌子。1991年6月15日，根据省政府办公厅苏政办发(1990)2号文和市政府连政复(1991)2号文，同意增挂“连云港市农业科学研究所”的牌子。2002年2月20日，市政府连政复(2002)4号文批复，将连云港市农业科学研究所更名为“连云港市农业科学院”，更名后，其单位性质、级制隶属关系、经费形式均不改变。